適格請求書を交付するためには、事前に税務署長に対し「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出し、登録を受ける必要がある。登録を受けると適格請求書発行事業者として登録番号が付されるため、この番号を上記(2)➀で記載することになる。
令和5年10月1日から適格請求書発行事業者となるためには、令和5年9月30日までに登録申請書を提出する必要がある。

公共交通機関である船舶、バス又は旅客の運送（3万円未満のもの）等で適格請求書の交付義務が免除される取引、従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費、宿泊費、日当及び通勤手当等に係る課税仕入れなど、適格請求書等の交付を受けることが困難な一定の取引については、帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる。

また、令和5年10月1日から令和11年9月30日までの間に国内において行う課税仕入について、基準期間における課税売上高が1億円以下又は特定期間における課税売上高が5,000万円以下である事業者が行う課税仕入に係る支払対価の額が1万円未満である場合には、一定の事項が記載された帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる経過措置が設けられている。

適格請求書発行事業者となれるのは課税事業者に限られるため、インボイス制度導入後に免税事業者である事業者は適格請求書発行事業者となることはできない。
現行制度では免税事業者からの課税仕入であっても仕入税額控除の適用を受けることはできるが、インボイス制度導入後は免税事業者からの課税仕入については適格請求書等の交付を受けることができないため、原則として仕入税額控除は認められないことになる（一定の経過措置あり）。
課税仕入を行う側はインボイス制度導入を機に免税事業者との取引を見直す可能性も考えられ、免税事業者としては適格請求書発行事業者（課税事業者）となるかどうかの検討が必要になると思われる。

令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間においては、免税事業者が適格請求書発行事業者となったことにより課税事業者となった場合の納付税額を、課税売上に係る消費税額の2割とする負担軽減措置が設けられている。この負担軽減措置が適用される課税期間にあっては、本則課税又は簡易課税と負担軽減措置とのいずれか有利な方法により納税額を計算することができる。