特例措置と一般措置で手続き上、最も異なるのは、特例措置においては「特例承継計画」の策定・提出・確認が必須とされている点である。

特例措置の適用にあたっては、あらかじめ後継者や事業承継までの経営の見通し等をまとめた「特例承継計画」を策定し、認定経営革新等支援機関（詳しくは後述）の所見を記載したうえで、2023年3月31日までに都道府県知事に提出し、その確認を受ける必要がある（一般措置の場合は、この手続きは不要）。
2023年3月31日までの相続については、相続後に特例承継計画を提出することも可能とされている。

特例承継計画の作成や円滑化法（中小企業における経営の承継の円滑化に関する法律）の認定等に関する詳細については、会社の主たる事務所がある都道府県の産業労働部、商工労働部などが相談窓口となっている。

以下、特例措置の適用の場合を中心に、主な手続きをフローチャートにまとめた。

特例承継計画の策定・提出・確認	＊2023年3月31日まで（同日以前の相続については、相続後も可） ＊特例措置のみの手続き（一般措置の場合は不要）
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相続開始	＊2018年1月1日から2027年12月31日までの相続であること＊一般措置は期限なし
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会社・後継者・先代経営者等の要件を満たすことについての都道府県知事による円滑化法の認定	＊相続開始後8か月以内に申請が必要
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・制度の適用を受ける旨を記載した相続税の申告書等の作成と提出・納税猶予税額と利子税の額に見合う担保の提供	＊相続税の申告期限まで（被相続人の死亡を知った日の翌日から10か月以内）
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相続税の申告期限	＊被相続人の死亡を知った日の翌日から10か月
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＊税務署に対し、経営承継期間（基本的に申告期限の翌日から5年）内は毎年、経過後は3年ごとに「継続届出書」を提出＊都道府県知事に対し、経営承継期間（同上）内は毎年、報告書等を提出	＊納税猶予期間中