事業者が課税期間中に行った課税仕入れおよび特定課税仕入れならびに輸入取引に係る消費税等（以下「仕入税額」という）の金額のうち、その課税期間の課税売上高および課税売上割合により、下記1または2に定める方法により計算した金額が控除対象仕入税額となる。

1. 課税売上高が5億円以下かつ課税売上割合が95％以上の場合
   仕入税額の全額を控除することができる。
2. 上記1以外
   その課税期間における課税売上高が5億円超または課税売上割合が95％未満である場合には、個別対応方式または一括比例配分方式により計算した金額が控除対象仕入税額となる。

なお、令和元年10月1日以降の税率は、一定の飲食料品、新聞の譲渡（以下「軽減税率適用取引」という）については8％（国税6.24％ 地方税1.76％）、軽減税率適用取引以外の取引については10％（国税7.8％、地方税2.2％）となる。したがって、令和元年10月1日以後の日を含む課税期間においては、控除対象仕入税額は税率ごとに区分して計算を行う。

【課税売上割合の計算】

次に掲げる場合には、控除対象仕入税額に一定の調整計算が必要となる。

1. 仕入れに係る対価の返還等を受けた場合
   課税仕入れ等につき、返品、値引き、割戻し、割引により対価の返還等を受けた場合には、その対価の返還等に係る仕入税額を調整する。
2. 課税売上割合が著しく変動した場合
   調整対象固定資産(※)を購入してから3年間の課税売上割合が著しく変動した場合には、調整対象固定資産に係る仕入税額を調整する。 (※)調整対象固定資産とは棚卸資産以外の資産で、建物および附属設備、構築物、機械装置、船舶、航空機、車両運搬具、工具器具および備品、鉱業権その他の資産で一の取引単位の価額（税抜）が100万円以上ものをいう。
3. 調整対象固定資産を転用した場合
   調整対象固定資産を購入した日から3年以内に課税売上対応から非課税売上対応に転用した場合または非課税売上対応から課税売上対応に転用した場合には、調整対象固定資産に係る仕入税額を調整する。
4. 免税事業者から課税事業者または課税事業者から免税事業者となる場合
   免税事業者から課税事業者になる場合または課税事業者から免税事業者になる場合には、棚卸資産に係る仕入税額を調整する。