修正による本税部分の追徴のほか、納付が遅れたことによる利息的性格を有する延滞税、適正な申告を行っていなかったことによる罰則的性格を有する加算税も合わせて納付しなければならない。加算税についてはその内容に応じて、下記のような種類がある。

種類	内容	割合（追徴税額に対し）
延滞税 （利息的性格）	法定申告期限の翌日から納付日までの期間に応じて課税	●納期限（修正申告書提出日）から2か月以内 ・・・年7.3％（2023年は2.4％）●上記以外・・・年14.6％（2023年は8.7％）
過少申告加算税	確定申告書に記載した金額が過少	●10％（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15％）●税務調査通知以後、かつ、更正等を予知する前の自主申告の場合は5％（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は10％）●税務調査通知前の自主申告の場合は0％
無申告加算税	申告期限までに確定申告を行っていない（期限後申告）	●50万円以下の部分15％※、50万円を超える部分20％※、（R6.1.1以後は300万円を越える部分30％※）●税務調査通知以後、かつ、更正等を予知する前の自主申告の場合は、50万円以下の部分10％、50万円を超える部分15％、（R6.1.1以後は300万円を越える部分25％）●税務調査通知前の自主申告の場合は5％
不納付加算税	源泉所得税を法定納期限までに完納しない	●10％●自主申告の場合は5％
重加算税	仮装、隠ぺいがあった場合	●過少申告加算税・不納付加算税に代えて35％※●無申告加算税に代えて40％※

※過去5年以内に無申告加算税又は重加算税を課されたことがある場合など一定の場合はさらに10％加重

修正事項が仮装、隠ぺいによるものである場合には、最も重い重加算税が課されることになる。仮装、隠ぺいとは、たとえば次のことをいう。これらの行為は、税金逃れを意図しないものであっても、仮装、隠ぺい行為として重加算税の対象になるため、取引の契約締結や請求書の作成などに関係する部署には周知しておきたい部分である。