納付消費税額は、課税売上に係る消費税額から課税仕入に係る消費税額を控除して計算する。

その課税期間の課税売上割合が95％以上で、かつ、その課税期間の課税売上高が5億円以下の場合は、課税仕入に係る消費税額を全額控除できることとされている。したがって、消費税の経理処理として税抜経理方式を採用している場合には、仮払消費税の額は全額仮受消費税の額から控除され、差額が納付消費税等の額となる。

一方、課税期間の課税売上割合が95％未満の場合、または、その課税期間の課税売上高が5億円超の場合は、課税仕入に係る消費税額は、課税売上に対応する部分の金額しか控除できない。したがって、税抜経理方式を採用している場合には、仮払消費税の額のうち控除できない部分の金額が生じることになる。この控除できない部分の金額のことを控除対象外消費税額等という。

法人税法上は、税抜経理方式を採用している場合の控除対象外消費税額等について、以下の表のとおり、一定の要件を満たした場合に限り損金算入を認めることとしている。 【控除対象外消費税額等の損金算入】

資産に係るもの※	区分		損金経理した場合	損金経理しなかった場合
	課税売上割合が80％以上		損金経理を要件に損金算入
	課税売上割合が80％未満	棚卸資産に係るもの
		特定課税仕入に係るもの
		一の資産に係る金額が20万円未満のもの
		上記のいずれにも該当しないもの	繰延消費税額等として、損金経理を要件に、発生事業年度以後の事業年度において損金算入（以下(2)参照）
経費に係るもの	損金算入（交際費等に係るものは交際費等の額に含まれる）

※資産に係る控除対象消費税額等の全額を、個々の資産の取得価額に算入する処理も認められる。

上記表で繰延消費税額等となった金額は、発生した事業年度以後の事業年度において、損金経理を要件に損金の額に算入できる。各事業年度の損金算入限度額は以下のとおりである。