消費税等の経理処理には、税抜経理方式と税込経理方式がある。

税抜経理方式とは、取引の対価と消費税等の額とを区分して経理する方法をいう。税込経理方式とは、取引の対価と消費税等の額とを区分しないで経理する方法をいう。

いずれの方法を選択するかは法人の任意であるが、選択した方法は、原則として法人が行うすべての取引について適用することが要求される（特例として、税抜経理方式を採用している場合には、一定の要件のもと、固定資産等および経費等の区分ごとに税込経理方式を併用することも認められている）。

法人が、税抜経理方式と税込経理方式のいずれを選択するかにより、法人税の課税所得計算に影響を及ぼすことがある。具体的には、以下の表のとおりである。

		税抜経理 ※	税込経理 ※
減価償却資産	少額減価償却資産の取得価額判定	税抜対価の額により、金額判定を行う	税込対価の額により金額判定を行う
	一括償却資産の取得価額判定
	特別償却等の金額基準判定
繰延資産	少額繰延資産の金額判定
寄附金	資産の贈与・低額譲渡時に寄附金判定の基礎となる資産の価額
	寄附金判定の基礎となる経済的利益の価額
交際費	接待飲食費が1人当たり5,000円以下かどうかの判定
	損金不算入額の計算	・税抜対価の額が交際費等の額となる・交際費等に係る控除対象外消費税の額は、交際費等の額に含まれる	税込対価の額が交際費等の額となる

※法人が行うすべての取引について税抜経理方式または税込経理方式を適用した場合（原則的取扱い）を前提としている。

消費税の免税事業者に該当する法人については、税込経理方式による法人税の課税所得計算が求められる。これは、会計方針までも税込経理を要求するものではなく、法人税の課税所得を計算するうえでのみ、税込経理方式を採用した場合と同じ課税所得になるような調整を要求するものである。

税込経理方式を採用している場合、納付消費税等の額は損金の額に算入され、還付消費税等の額は益金の額に算入される。損金の額または益金の額に算入する事業年度は以下のとおりである。

	納付消費税等の額の損金算入時期	還付消費税等の額の益金算入時期
原則	納税申告書を提出した日の属する事業年度 （更正・決定に係る税額については更正等があった日）
特例	損金経理により未払金に計上した場合は、損金経理した事業年度	収益の額として未収入金に計上した場合は、収益計上した事業年度