親子会社の関係があるといっても、独立した別個の法人であることから、親会社が子会社に対して資金負担や債権放棄等をした場合には、子会社に対する寄附金として取り扱うのが原則である。
ただし、業績不振の子会社を清算しようとする場合に、子会社単独では従業員に対する退職金原資が準備できないときは、親会社がその資金を負担せざるを得ないケースもあるであろう。また、第三者に業績不振子会社を売却するに際して、親会社の債権放棄を要請されることもあるであろう。このように、親会社が損失負担なり債権放棄なりをしなければ、今後、親会社自身がより大きな損失を蒙ることになることが社会通念上明らかであると認められ、やむを得ずその損失負担等をするに至ったことについて相当な理由があると認められるときは、その損失負担等により供与する経済的利益の額は、親会社の寄附金の額に該当しないものとされている。

業績不振子会社の再建のため、親会社が無利息貸付けや債権放棄などを行う場合がある。これらの支援により親会社が負担した損失も、一義的には子会社に対する寄附として取り扱われる。
しかし、金融機関に対して債務免除または金利減免交渉を行う過程で、親会社に対しても一定の損失負担が求められるケースもある。このような実態に鑑み、親会社が損失負担することについて一定の経済合理性があると認められる場合に限り、税務上はその損失を寄附金としては取り扱わないこととしている。経済合理性を有しているかどうかは、以下の点を総合的に勘案して判断される。