税務署からの調査の連絡の際、準備資料を指定されることもあるが、一般的には以下の資料の準備、確認が必要となる。

資料	チェックポイント
会社案内	会社の概況を把握するため
組織図	取引の責任者などを把握するため
社内配席図	連絡や実在しているかの確認のため
社内規定	処理の基準を把握するため
議事録	意思決定資料として
稟議書	取引の経緯を確認するため
賃金台帳	給与関係の調査資料として
取引先名簿	売上関係の調査資料として
株主名簿	資本関係のある者を確認するため
業務フロー	実際の経理処理のフローを確認するため
契約書	取引の根拠資料として
帳簿	総勘定元帳で科目ごとに確認するため

準備する資料を倉庫などに預けており、手元にない場合には、調査対象期の分については事前に取り寄せておく必要がある。資料の中身も確認しておきたいため、できれば調査日ギリギリではなく、余裕をもって取り寄せておきたいところである。

各取引内容や申告内容、調査開始後の対応など、調査開始前に顧問税理士との打合せを行う。税務調査での論点になりそうな部分をピックアップし、その対応を検討しておく必要があろう。

調査が行われる場所は、一般的には帳簿や証憑類が準備されている本社事務所の会議室等となる。ただし、固定資産や棚卸資産の現物確認、実際の業務の流れなどの確認のため、工場や倉庫、営業所、店舗といった場所に調査官が訪問することもある。

この場合には、固定資産台帳、棚卸資産管理簿などの書類と現物の突合だけでなく、経理担当者ではわからない取引の詳細な内容、実際の業務の流れなどについては、製造現場や営業担当の従業員に、調査官が直接話を聞くことも行われる。

すべての工場や営業所等に連絡しておく必要もないと思われるが、調査に関係ありそうな場所や各責任者には税務調査が行われることを連絡しておきたい。

調査官は、過去の調査内容を確認してから調査に来る。過去の指摘事項などから今回の調査のポイントを探すためであるが、以前の指摘事項が改善されているかの確認も行われる。前回の調査で、修正ではなく指導にとどまった事項につき、今回の調査で改善されていなければ、修正対象となる可能性は高い。