ストレスチェックの結果で「医師による面接指導が必要」とされた従業員から申出があった場合は、医師に依頼して面接指導を実施する。

従業員からの面接指導の申出は、結果が通知されてから1か月以内に、医師による面接指導は、従業員からの申出があってから1か月以内に、それぞれ行なう必要がある。

会社は、面接指導を実施した医師から、就業上の措置の必要性の有無とその内容について意見を聴き、それをふまえて労働時間の短縮など必要な措置を実施する。

医師からの意見聴取は、面接指導の実施から1か月以内に行なう必要がある。

会社は、面接指導結果の記録を作成し、これを事業所で5年間保存しなければならない。ただし、以下の内容が含まれていれば、面接指導を実施した医師からの報告をそのまま保存することができる。

ストレスチェックの実施者に、ストレスチェック結果を一定規模の集団（部、課、グループなど）ごとに集計・分析させて、その結果を提供してもらい、集計・分析結果をふまえて、職場環境の改善を行なう。これは努力義務とされている。
派遣社員を受け入れていたり、出向してきている社員がいる場合は、その者も含めて行なうことが望ましい。

なお、集団規模が10人未満の場合は、個人を特定されるおそれがあるので、全従業員の同意がない限り、結果の提供を受けてはならない。原則として10人以上の集団を集計の対象とする必要がある。

ストレスチェックを実施した会社は、「心理的な負担の程度を把握するための検査結果等報告書」を作成して、所轄の労働基準監督署へ届け出なければならない。