会社は、育児介護休業法に関する事項に関し、従業員から苦情の申出を受けた場合は、自主的な解決を図るように努めなければならないとされている。

自主的な解決を図る方法としては、労使で構成される苦情処理機関を設けたり、人事労務担当者が直接相談に対応することなどが想定される。

次のとおり、育児介護休業法に基づく紛争解決の仕組みが整備されている。

●都道府県労働局長による紛争解決の援助

育児介護休業法に関する紛争について、従業員、会社の双方またはその一方から、その解決について援助を求められた場合には、都道府県労働局長が助言、指導、勧告を行なうことができる。

●調停制度

育児介護休業法に関する紛争について、従業員、会社の双方またはその一方から、調停の申請があった場合には、都道府県労働局長が「両立支援調停会議」（第三者機関）に調停を行なわせることができる。

育児介護休業法に違反している会社に対し、厚生労働大臣が是正の勧告をしたにもかかわらず、その勧告に従わなかったときは、企業名を公表できる仕組みがある。

また、育児介護休業法の施行に関して報告を求められたにもかかわらず、必要な報告をせず、または虚偽の報告をした場合には、20万円以下の過料に処せられる。

従業員の妊娠・出産・育児休業・介護休業等を理由とする不利益取扱いは禁止されている。

なお、これに加えて、平成29年1月1日以降は、上司・同僚からの妊娠・出産、育児・介護休業等を理由とする嫌がらせ等（いわゆるマタハラ・パタハラ※）を防止する措置を講じることが会社に義務づけられている。