所得税は、もともと「1月～12月」の年収をベースに算出されるため、年収が確定しなければ、正確な税額は計算できない。

つまり、毎月の給与から天引き（源泉徴収）されている所得税は概算額であり、年末に正しい税額を計算し直し、毎月徴収してきた所得税額との調整（過不足の精算）を行なう必要がある。この調整が、年末調整である。

給与所得の源泉徴収税額表の甲欄適用者に該当し、年末の時点で在職している従業員は、原則として、年末調整の対象となる。

年末調整事務は、作業時期と書類回収がポイントになる。年末調整を行なう月（通常は12月）の前月までに準備を始めることが大切であり、十分に時間をとっておくことが望ましい。具体的な流れは次のとおりである。


1.年末調整の社内向けアナウンスとレジュメ等の準備


2.各種申告書等の回収
従業員に提出させる申告書等は、次のとおりである。

「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」	扶養親族について記入する。単身者であっても必ず回収しなければならない
「給与所得者の保険料控除申告書」	生命保険料控除や地震保険料控除等の申告に使う。国民健康保険や国民年金の保険料の支払いがあった場合
「給与所得者の基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書」	基礎控除、配偶者控除や、配偶者特別控除等を受けようとする場合
「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」	住宅ローンがある人に関係する
「給与所得の源泉徴収票」	前職がある中途入社者に提出してもらう

以上の各種申告書等がないと、正確な税額を算出できないので、提出期限を定めて確実に提出してもらうことが大切である。これら申告書等は、税務署で配布されているほか、国税庁ホームページ上でもダウンロードできる。

年末調整事務は、給与ソフトで自動計算するのが一般的である。金額等を入力する際は、入力ミスに注意しなければならない。

なお、給与ソフトの利用の有無にかかわらず、年末調整で処理した金額等については、「源泉徴収簿」にきちんと記録しておく。

確定した年税額等の明細書となるため、従業員本人に必ず交付する。なお、本人へ交付する源泉徴収票にマイナンバーは記載されない。

税務署や市区町村に対して必要書類（法定調書）を提出する。なお、税務署へ提出する源泉徴収票、市区町村へ提出する給与支払報告書にはマイナンバーの記載が必要となる。