フレックスタイム制とは、「9時出社、18時退社、1日8時間労働」といった定型的な働き方ではなく、各労働日において、何時に出社し、何時に退社するか、何時間働くかを従業員に委ねる制度である。

働き方やライフスタイルの多様化、また定型的な勤務時間設定が必ずしも業務の成果につながらない仕事（例：システム開発、医薬品の研究開発）を中心に導入・運用されている。

メリハリが効く働き方ができるというメリットがある一方、自己の裁量に委ねられる部分が大きくなるため、自己管理の徹底が求められる制度である。

フレックスタイム制は、清算期間の総労働時間（勤務すべき時間）を定め、その時間を超過した場合は残業代を支払い、不足が生じた場合は不足分の賃金控除を行なう制度である。したがって、裁量の余地がある業務内容であることはもちろん、自己管理が徹底できる従業員にのみ適用すべき制度であろう。
なお、労働基準法の改正により、清算期間の上限1か月が3か月へと拡大されたが、1か月以内の場合と比較して、いくつかの制限が設けられていることに注意が必要である。

フレックスタイム制の導入を希望する会社は、就業規則にその旨を定めるとともに、従業員代表と労使協定を締結する必要がある。なお、この労使協定は会社に保管しておけばよく、労働基準監督署への届出義務はない。
ただし、清算期間を1か月超3か月以内とした場合は、労働基準監督署へ届出なければならない。