たとえば、所定労働時間が8時間（9時始業、18時終業、休憩1時間）のA社において、1時間遅刻した従業員が20時まで勤務した場合（休憩を1時間取得）、残業代の計算はどのようになるだろうか。

10時～12時：実働2時間
12時～13時：休憩1時間
13時～20時：実働7時間
〔実働時間の合計：9時間〕

ここで重要なのは、労働基準法は、「実労働時間主義」、つまり、実際に何時間働いたかで所定労働時間、残業時間を算出する考え方を採用しているということである。したがって、実際に働いた時間が8時間を超えれば、超えた分が時間外労働となる。

上記のA社の例に当てはめて考えると、10時から19時までは8時間の所定労働、その後の19時から20時までの1時間が時間外労働となり、1時間分の残業代が発生する。

この場合は、結果として所定労働時間の8時間を勤務しているので、遅刻控除は発生しない。

参考までに、「始業・終業時刻主義」の場合には、始業時刻前と終業時刻後の労働が時間外労働となる。就業規則等で、「始業時刻前・終業時刻後の勤務については時間外手当を支払う」と定めている場合は、始業・終業時刻主義を採用していることになり、A社の例では、「1時間分の遅刻控除」と「2時間分の残業代」が発生する。

時間外代休とは、月の時間外労働時間の合計が、会社の定める所定労働時間に達した場合に、代休を取得できる制度である。この時間外代休を無給とすることにより、賃金計算上は次のような取扱いとなる。

※時給1,000円、会社の定める所定労働時間8時間、時間外労働時間の合計8時間とした場合

代休取得分：▲8,000円（1,000円×8時間）
残業代：10,000円（1,000円×1.25×8時間）
差し引き：2,000円を追加で支払い

したがって、時間外代休制度を使用した場合は、労働者は1日休息でき、会社は残業代を節減できるというメリットがある。

なお、時間外代休制度を設け、会社が利用を啓蒙することは自由だが、強制的に時間外代休を取得させると、労働者の意思に反して就業を拒否し、休業を命じていることになってしまう。