「不要な残業・無駄な残業をなくすことができる」「会社として残業をコントロールできる」といった点を考慮し、この制度を導入している会社も多い。的確に運用できれば効果的な制度といえる。

しかし、次のようなデメリットを考慮する必要もある。

1. 「事前承認制」とした場合、従業員から残業申請があった都度、本当に必要な残業か否かを会社（上司）が判断しなければならない。また、結果として「事前承認制」を運用できず、「事後承認制」とした場合は、すでに行なった残業を否定することは難しく、「申請・承認制」が形骸化してしまう可能性がある。
2. 残業を承認しない場合であっても、残業なしでは処理不可能な業務を任せているような場合は、「黙示の残業命令がある」とみなされ、結果としてサービス残業が発生していることがある。
3. タイムカードによる時間管理は、あくまでも入退場記録である。残業時間は「申請・承認制」により算出するとしている場合には、制度の仕組みを明確に定め、その方法を例外なく遵守・運用しなければならず、社内の認識の統一、管理者の研修等の周到な準備が必要である。

実際に、「残業の申請・承認制」を運用する際の大まかな流れは、次の図のようになる。