定額残業代制を適法に運用するためには、「○○手当は定額残業代である」という認識を、会社と従業員の双方で共有する必要がある。

会社はそのような認識であっても、従業員が理解していない場合には、当該手当が定額残業代とは認められず、当該手当も含めた賃金総額を残業代の計算基礎とした割増賃金の支払いが必要になる可能性もある。

したがって、定額残業代制を導入する際には、その内容を就業規則（賃金を別規程としている場合は賃金規程）で明確に規定し、労働基準法第106条（法令等の周知義務）に基づき、すべての従業員に対して周知しなければならない。

加えて、定額残業代も労働条件の一部であるため、雇用契約の締結にあたっても、雇用契約書に明記しておく必要がある。

なお、定額残業代制の導入によって、基本給部分が減額となり時給単価が下がる場合は、労働条件の不利益変更であるため、各従業員の同意を得なければならない。

定額残業代を適正に運用するためには、実際の残業代が定額残業代を超過する場合は、超過分の全額を追加で支払わなければならない。

以下は差額分の計算例である。