実務上は、従業員代表として立候補する者がいない、従業員代表になりたがらない、というケースが少なくない。このような場合は、会社側が一方的に指名したくなるところだが、そのようにして選んだ従業員代表と労使協定を締結しても適正な手続きを欠いたものとして無効となる。

したがって、会社としては以下の点を説明して従業員の不安を取り除き、従業員代表をスムーズに選出できるように努めるべきである。

1. 従業員が過半数代表者であること、過半数代表者になろうとしたこと、または過半数代表者として正当な行為をしたことを理由として、会社が不利益な取扱いをすることは法律で禁じられていること
2. 従業員代表は、労使協定の内容について他の従業員たちの意見を聴取し、集約・調整する義務がないこと

特に、２．については誤解している会社・従業員も多い。従業員代表を選出する際は、「時間外・休日労働に関する労使協定（三六協定）を締結するために従業員代表を選出します」などと選出目的を明らかにして投票等を行なうわけであり、従業員は候補者に信任票を投じることにより、すべてを一任するということを意味している。