労働基準法は、会社の事業運営上の必要性に鑑みて例外的な取扱いを認めているが、その条件として労使協定の締結（場合によっては労働基準監督署への届出）を義務づけている。

会社が労務管理を行なうにあたって押さえておくべき主な労使協定は、次のとおりである。


◆時間外・休日労働協定（三六協定）

会社が従業員に時間外・休日労働をさせる場合に必ず必要となる。この労使協定がないまま時間外・休日労働をさせれば即、違法となる。もっとも重要な労使協定といっても過言ではない。


◆賃金控除協定

賃金を支払う際、税金や社会保険料等の法で定められたものは労使協定がなくても賃金から控除できるが、その他のもの、たとえば持ち株会の拠出金や互助会の費用、旅行積立金などの控除は認められていない。控除するためには労使協定が必要となる。労使協定がないまま控除すると、最悪の場合、控除した金額を返還しなければならないことになる。


◆変形勤務等の労使協定

1年単位の変形労働時間制、フレックスタイム制、裁量労働制等の特殊な労働時間制を実施するためには労使協定が必要となる。

本来、法定労働時間は1日8時間、1週40時間であり、これを超える場合には割増賃金の支払いが必要だが、特殊な労働時間制においては例外が認められている。たとえば、1日8時間を超える所定労働時間を設定したとしても、1年間の週平均労働時間が40時間以内であれば、割増賃金の支払いが不要になるといった具合である。

特殊な労働時間制を実施するためには労使協定の締結が条件となる。労使協定がないまま特殊な労働時間制を実施すると、割増賃金の支払いが必要になる。


◆休憩の一斉付与除外の協定

休憩時間は従業員に一斉に付与しなければならない。一斉付与をせずに、所定労働時間の中で休憩時間を自由に取得させる場合は、労使協定が必要となる。労使協定がないにもかかわらず、一斉付与ではなく自由に取得させれば労働基準法違反となる。この点は、実務上見落とされがちなので、注意しなければならない。


◆育児介護休業関係の協定

育児介護休業法関係の労使協定も見落としてはならない。特に、育児休業、育児短時間勤務の対象者について、労使協定の締結により一定の者を対象から外すことが認められている。この点、事業運営に深く関係するため注意が必要となる。

会社（使用者）

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労使協定

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従業員代表

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特殊な労働時間制、休憩の一斉付与除外など、特殊な運用が認められる