医療機関等の多くは、健康診断の終了後、本人と会社宛てに結果証明書を交付しているが、この結果証明書は、あくまで医療機関等が診断内容を証明したものに過ぎない。必要項目を網羅していれば、健康診断個人票に代わるものとして認められるが、そうでない場合は、会社は別途法律で定める様式の健康診断個人票を作成しなければならない。したがって、健康診断を受診させる病院を選ぶ際には、健康診断の結果証明書が、労働安全衛生法上の健康診断個人票の要件を満たしているところがよいだろう。

また、最近では、個人のプライバシーへの配慮から、従業員本人にしか結果を通知しないケースもある。その場合には、あらかじめ従業員から会社へ健康診断の結果を提出しなければならない旨を定め、提出された内容に基づいて健康診断個人票を作成する必要がある。