三六協定がある場合でも青天井で時間外・休日労働をさせることはできない。
時間外労働の上限は原則月45時間、年間360時間である。臨時的な特別な事情があり、事業主と社員代表が合意する場合には、この上限時間を超えて時間外労働をすることができるが、その場合にも更なる上限がある。

具体的には時間外＋休日労働で1カ月100時間未満、複数月平均で80時間以内となる。また、時間外労働単体で年間720時間以内でなければならない。
違反した場合の罰則もあるので注意されたい。

三六協定の締結・届出に不備がある場合、労働基準監督署による定期監督等においても、三六協定を締結しなかったことによる労働基準法違反が指摘され、是正勧告が出されることになる。

また、長時間労働により大きな事故が生じた事業場について、三六協定を締結せずに法定労働時間を超えて働かせていたことから、代表取締役が書類送検された事例もある。

したがって、三六協定を締結せずに時間外・休日労働をさせることの悪影響を過小評価してはならない。三六協定を作成・締結する実務担当者は、下掲のようなスケジュール表を作成して、提出期限、提出日をきちんと管理するようにしなければならない。事業場が複数にわたる場合は特に注意を要する。

三六協定　締結・届出チェック表 ＊従業員代表の選出等を考慮して、余裕をもって締結・届出を行なうようにしてください。 ＊届出日が休日等の場合を考慮して、前後の有効期間の間に空白が生じないようにしてください。
労働基準監督署への届出日	有効期間	担当者名	備考
○年4月1日	○年4月1日から △年3月31日	人事部佐藤	特別条項による上限時間を変更
△年3月30日	△年4月1日から ×年3月31日	人事部田中	三六協定の対象業務に○○業務を追加
年　月　日	年　月　日から 　　年　月　日
年　月　日	年　月　日から 　　年　月　日
年　月　日	年　月　日から 　　年　月　日